Latem 1563 roku rozpoczął nowicjat u karmelitów w tym mieście, przyjmując imię zakonne Maciej. W następnym roku wysłano go na prestiżowy Uniwersytet w Salamance, gdzie przez trzy lata studiował sztuki i filozofię. W1567 roku został wyświęcony na kapłana i wrócił do Medina del Campo, aby odprawić swą prymicyjną Mszę świętą, otoczony miłością najbliższych. Właśnie tutaj doszło do jego pierwszego spotkania z Teresą od Jezusa. Spotkanie to było decydujące dla obojga: Teresa przedstawiła mu swój plan reformy Karmelu, obejmujący również męską gałąź zakonu i zaproponowała Janowi, aby przyłączył się do niej „dla większej chwały Boga”; młodego kapłana tak bardzo zafascynowały idee Teresy, że stał się wielkim orędownikiem tego projektu. Oboje będą wspólnie pracować kilka miesięcy, podzielając ideały i propozycje, aby jak najszybciej otworzyć pierwszy dom karmelitów bosych: nastąpiło to 28 grudnia 1568 roku w Duruelo – samotnym miejscu w prowincji Avili. Wraz z Janem utworzyli tę pierwszą zreformowaną wspólnotę męską trzej inni jego towarzysze. Odnawiając swe śluby zakonne według pierwotnej reguły, cała czwórka przyjęła nowe imiona: Jan nazwał się wówczas „od Krzyża”, jak będzie później powszechnie znany. Pod koniec 1572 roku na prośbę św. Teresy, został spowiednikiem i wikariuszem klasztoru Wcielenia w Avili, w którym święta była przełożoną. Były to lata ścisłej współpracy i przyjaźni duchowej, która wzbogaciła oboje. W owym czasie powstały też najważniejsze dzieła terezjańskie i pierwsze pisma Jana.
Przystąpienie do reformy karmelitańskiej nie było łatwe i przysporzyło Janowi nawet wielkich cierpień. Najdramatyczniejszym zdarzeniem było w 1577 roku jego porwanie i uwięzienie w konwencie karmelitów dawnej obserwancji w Toledo i niesprawiedliwe oskarżenie, jakie potem nastąpiło. Święty pozostawał uwięziony przez wiele miesięcy, poddawany upokorzeniom i ograniczeniom fizycznym i moralnym. Napisał tam, obok innych utworów poetyckich, słynną „Pieśń duchową”. W końcu w nocy z 16 na 17 sierpnia 1578 roku udało mu się uciec w sposób „awanturniczy”, chroniąc się w klasztorze karmelitanek bosych w tym mieście. Święta Teresa i jego towarzysze z ogromną radością świętowali jego uwolnienie i po krótkim okresie odzyskiwania sił Jan udał się do Andaluzji, gdzie spędził dziesięć lat w różnych konwentach, zwłaszcza w Grenadzie. Pełnił coraz ważniejsze urzędy w zakonie aż po wikariusza prowincjalnego i uporządkował swe rozprawy duchowe. Wrócił następnie na swą ziemię ojczystą jako członek zarządu generalnego terezjańskiej rodziny zakonnej, cieszącej się niemal całkowitą samodzielnością prawną. Zamieszkał w Karmelu w Segovii, sprawując urząd przełożonego tej wspólnoty. W 1591 roku zrzekł się wszelkiej odpowiedzialności i miał wyjechać do nowej prowincji zakonnej w Meksyku. Przygotowując się do długiej podróży z dziesięcioma innymi towarzyszami wycofał się do samotnego konwentu w pobliżu Jaén, gdzie poważnie zachorował. Jan znosił z bezprzykładną pogodą i cierpliwością wielkie cierpienia. Zmarł w nocy z 13 na 14 grudnia 1591 roku, gdy jego współbracia odmawiali Oficjum poranne (Jutrznię). Pożegnał się z nimi słowami: „Dziś odchodzę, aby śpiewać Oficjum w niebie”. Jego doczesne szczątki przeniesiono do Segovii. Beatyfikował go Klemens X w 1675 roku, a kanonizował Benedykt XIII w roku 1726.
Św. Jan od Krzyża jest uważany za jednego z największych poetów lirycznych literatury hiszpańskiej. Istnieją cztery główne jego dzieła „Droga na Górę Karmel”, „Noc ciemna”, „Żywy płomień miłości” i „Pieśń duchowa”.
źródło: Anamnesis KKBIDS 89, str. 74-75.